Von Leonardo da Vincis wissenschaftlichen und künstlerischen Studien sind bis heute nur noch einige tausend Zeichnungen in den berühmten Codices und in den Manuskripten A–M erhalten geblieben. Dabei handelt es sich wahrscheinlich lediglich um ein Viertel des zeichnerischen Oeuvres des Universalgenies.
Der gesamte Nachlass ging an seinen Schüler Francesco Melzi, der ihn sicher verwahrte. Als Francesco 1570 starb, erbte sein Sohn Orazio Leonardos Nachlass. Doch dieser verschenkte oder verkaufte viele Blätter. So wurden die wertvollen Zeichnungen, Studien und Notizen zerstreut oder gingen verloren.
Pompeo Leoni, Bildhauer am spanischen Hof und Kunstsammler, erkannte 1590 den Wert dieses Vermächtnisses und trug einen großen Teil wieder zusammen. Er sortierte Leonardos Aufzeichnungen in zwei Kategorien: in die wissenschaftliche und in die künstlerische Sammlung.
Mit Schere und Leim wurden die aufgeteilten Originalnotizen zurechtgeschnitten und relativ unzusammenhängend in größere Formate eingeklebt. Auf diese Weise entstand der Codex Atlanticus mit Schriften und Zeichnungen von Leonardo aus den Bereichen der Naturwissenschaften und Architektur. Der Bestand von 1.200 Blättern wurde von Leoni auf 400 reduziert. Seit der 1960 stattgefundenen Restaurierung besteht der Codex Atlanticus aus 1.119 Blättern.
Mit dem Ableben Leonis 1608 gelangte der Codex Atlanticus auf Umwegen in den Besitz des Grafen Arconati, der ihn 1636 der Ambrosianischen Bibliothek in Mailand zum Geschenk machte. Auf Grund eines napoleonischen Dekrets wurde er in die Nationalbibliothek in Paris transferiert. Dort befand sich auch ein weiterer Teil von Leonardos Vermächtnis, bekannt unter der Bezeichnung Manuskripte A–M. Erst 1814 konnte der Codex Atlanticus infolge des Wiener Pakts an seinen angestammten Platz in der Ambrosiana zurückkehren. Die Manuskripte A–M, die hauptsächlich Studien zur Geometrie und Technik, Städtebau und Optik enthalten, blieben in Paris.
1965 entdeckte man eher zufällig zwei seit 1830 vermisste Bände des Universalgenies in der spanischen Nationalbibliothek in Madrid. Sie wurden als Codex Madrid I und Madrid II bekannt und enthalten beeindruckend klare Studien über potenzielle und kinetische Energie, Raketentechnik und die Konzeption für eine zweitausend Meter lange Brücke über den Bosporus.
Heute befinden sich die Codices in europäischen Museen, sowie im Besitz privater Sammler. Sie gelten als Schätze, die zu absurden Preisen gehandelt werden. Erst kürzlich ersteigerte der Leonardo-Fan und Microsoft-Chef Bill Gates den bedeutenden Codex Hammer (den ursprünglichen Codex Leicester, seinerzeit vom Unternehmer und Philanthropen Armand Hammer erworben), in dem da Vinci über Klimaphänomene und Naturkatastrofen nachdenkt, für die unglaubliche Summe von 30 Millionen Pfund (zirka 42 Millionen Euro).
Bei den erhalten gebliebenen Aufzeichnungen Leonardos handelt es sich meist um unsystematisch angeordnete Teilstudien auf verschiedenen Blättern. Diese wurden von Leonardo zusätzlich mit einem »Kopierschutz« versehen: Er ließ wichtige Details seiner Konstruktionen weg, baute absichtlich Fehler ein und schrieb seine Notizen zusätzlich in Spiegelschrift. Diese Umstände machten Leonardos Vermächtnis über lange Zeit zu einem unlösbaren Rätsel für die Wissenschaft.
